项目制作为一种治理工具,已经内嵌到我国高等教育领域,并逐渐固化为一种常用的治理手段。项目制在带来治理效率和治理效果等正向积极作用的同时,也存在一些违背学术治理规律的空间,致使学术治理与项目治理之间存在一定的矛盾,这其中既包括治理目标的确定性、精准性与不确定性、模糊性之间的矛盾,也包括治理方式的专向性、碎片化与灵活性、整体性之间的矛盾,权力运行机制中自上而下与自下而上之间的矛盾。鉴于此,应通过加强制度建设创新学术评价体制机制,推动项目制改革,将项目治理中不适宜学术评价改革的部分以及不符合学术发展规律的部分,加以调整和优化,进而实现既充分发挥项目治理的独特优势和技术理性,又遵循学术治理和学术评价的内在逻辑和发展规律的统一,在学术治理和项目治理之间始终保持一定的张力空间。