省域流域治理的有效性依赖各级政府间的相互协同。基于政策工具视角,对1999—2021年59份与九龙江流域治理相关的政策文本进行内容分析,利用Nvivo 12挖掘出1608个参考点,构建出管制型、市场型、技术促进型、多元参与型、协同型等五种政策工具,并建立起基于时期变迁、工具结构、府际协同、治理效能四要素的分析框架。研究发现:九龙江流域治理的府际协同历经议题启动、政策创新、制度创新、法治构建四个阶段;在初期,地方政府均偏好选择管制型工具;随着治理制度和机制的不断丰富和完善,对协同型政策工具的使用频率逐渐增加,府际协同得以深入推进和不断增强。基于此,省域流域治理需要综合考量政策过程阶段性和政府结构层次性所带来的差异化政策工具选择问题,精准采纳政策工具,以进一步加强府际协同和提升治理效能。