目的旨在弄清NS3参与分子间相互作用的确切区段,为研究针对NS3的抗HCV寡肽小分子药物的设计提供依据。方法参照HCV中国河北株序列设计NS3引物,将其N末端的前15个和前30个氨基酸分别缺失掉。然后用酵母双杂交系统检测NS3/NS3及NS3/NS4A分子间相互作用强度在缺失前后的变化,从而判明NS3N末端氨基酸在分子间相互作用中的意义。核苷酸序列分析采用AppliedBiosystem373A型自动测序仪。结果NS3N末端氨基酸缺失前后,NS3/NS3分子间及NS3/NS4A分子间相互作用的强度相差有显著性(P<0.01),但缺失15个氨基酸和缺失30个氨基酸对上述相互作用强度的影响差异无显著性(P>0.05)。结论NS3N末端的1~30个氨基酸在NS3/NS3及NS3/NS4A分子间相互作用中有一定意义,其N末端前15个氨基酸(APITAYSQQTRGLLG)对于分子间相互作用更为关键。本研究结果将为抗NS3丝氨酸蛋白酶活性的寡肽抑制物的研究打下基础,并为抗HCV的寡肽小分子药物的设计提供依据