烟草野火病菌Pseudomonas syringae pv.tabaci yuexi-1信号肽预测及分析

被引：4
|
作者：
王铁霖
李晶
杨玉文
赵廷昌
机构：
[1] 中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室
来源：
中国烟草学报 | 2016年 / 22卷 / 01期
关键词：
Pseudomonas syringae pv.tabaci; 信号肽; Signal P 4.0; Lipo P 1.0; TMHMM v2.0;
D O I：
10.16472/j.chinatobacco.2015.188
中图分类号：
S435.72 [烟草病虫害];
学科分类号：
摘要：
利用Signal P 4.0、Lipo P 1.0及TMHMM v2.0对烟草野火病菌Pseudomonas syringae pv.tabaci yuexi-1菌株基因组中信号肽的数量、长度和氨基酸组成进行了预测及分类。结果确定其中432个ORFs(Open reading frame)所编码的N端有信号肽序列,占全部ORFs的8.81%。其中351条分泌型信号肽(SPI),81条脂蛋白型信号肽(SPII)。在分泌型信号肽中,信号肽的长度为11～42个氨基酸,以长度为22个氨基酸的信号肽最多。同源性分析结果显示,具有相同信号肽序列的不同蛋白序列之间是高度保守的。该研究提供了野火病原菌致病因子的备选基因,提高该病菌致病因子的筛选效率。
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