基于随机森林算法预测分析绝经妇女骨质疏松症关键lncRNA及其调控作用

被引：2
作者：
陈敬恒
陈凯奇
何达东
石宇雄
机构：
[1] 广州市番禺区中医院骨伤科
来源：
中国医药导报 | 2021年 / 18卷 / 30期
关键词：
长链非编码RNA; 绝经妇女骨质疏松症; 随机森林; 机器学习;
D O I：
暂无
中图分类号：
R580 [];
学科分类号：
1002 ; 100201 ;
摘要：
目的通过随机森林算法预测绝经妇女骨质疏松症(PMOP)关键长链非编码RNA(lncRNA)的调控作用。方法检索基因表达数据库获取PMOP患者芯片数据,检索时限为建库至2020年12月。借助随机森林算法筛选关键lncRNA,通过starBase V2.0数据库预测lncRNA靶标基因,构建lncRNA-靶标基因调控网络,使用STRING V11进行靶标基因蛋白质-蛋白质相互作用分析,使用R语言、KOBAS数据库进行GO与KEGG富集分析。结果共获得127个lncRNA表达数据,建立随机森林模型,筛选其中10个关键lncRNA,starBase V2.0预测得到98个靶标基因。靶标基因主要富集于RNA聚合酶活性等13个GO过程,半乳糖代谢等12条KEGG信号通路。结论本研究通过挖掘PMOP基因芯片数据,基于随机森林算法筛选得出关键lncRNA并预测其靶标基因参与的生物学过程与信号通路,得出lncRNA可能参与调控成骨细胞、破骨细胞增殖分化活动、遗传物质转录翻译、机体糖脂代谢等活动。
引用
收藏
页码：23 / 27+198 +198
页数：6
相关论文
共 23 条
[1]   lncRNA NEAT1过表达促进破骨细胞分化并抑制成骨细胞分化诱发骨质疏松附视频 [J].
洪宇桁 ;
雪原 .
天津医科大学学报, 2019, (01) :5-9+23
[2]  
Six-long non-coding RNA signature predicts recurrence-free survival in hepatocellular carcinoma[J]. Jing-Xian Gu,Xing Zhang,Run-Chen Miao,Xiao-Hong Xiang,Yu-Nong Fu,Jing-Yao Zhang,Chang Liu,Kai Qu.World Journal of Gastroenterology. 2019(02)
[3]   lncRNA对骨质疏松骨代谢相关信号通路影响的研究进展 [J].
马智勇 ;
郭成龙 .
中国骨质疏松杂志, 2018, 24 (04) :547-551
[4]   2016年《美国内分泌医师协会与美国内分泌协会绝经后骨质疏松症诊疗指南》解读 [J].
李静 ;
陈德才 ;
王覃 .
中国全科医学, 2017, 20 (08) :891-895
[5]   绝经后骨质疏松症肾阴虚证关联LincRNA uc431+的表达研究 [J].
李生强 ;
许惠娟 ;
陈娟 ;
谢丽华 ;
谢冰颖 ;
葛继荣 .
中国骨质疏松杂志, 2016, 22 (08) :966-971
[6]   lncRNA在绝经后骨质疏松症肾阴虚证中的表达特征及调控网络分析 [J].
陈娟 ;
谢丽华 ;
李生强 ;
许惠娟 ;
胡智旭 ;
葛继荣 .
中国骨质疏松杂志, 2015, 21 (05) :553-559
[7]   LINC01140 Alleviates the Oxidized Low-Density Lipoprotein-Induced Inflammatory Response in Macrophages via Suppressing miR-23b [J].
He, Liping ;
Zhao, Xingsheng ;
He, Leping .
INFLAMMATION, 2020, 43 (01) :66-73
[8]  
Long non-coding RNA LINC01963 inhibits progression of pancreatic carcinoma by targeting miR-641/TMEFF2[J] . Kailiang Li,Hongchao Han,Wenjing Gu,Chunyuan Cao,Pengyuan Zheng.Biomedicine & Pharmacotherapy . 2020
[9]   LncRNA WT1-AS Inhibits Triple-Negative Breast Cancer Cell Migration and Invasion by Downregulating Transforming Growth Factor β1 [J].
Wang, Jiangfen ;
Xi, Chunfang ;
Yang, Xuan ;
Lu, Xiaoting ;
Yu, Keda ;
Zhang, Yafen ;
Gao, Runfang .
CANCER BIOTHERAPY AND RADIOPHARMACEUTICALS, 2019, 34 (10) :671-675
[10]   LncRNA WT1-AS up-regulates p53 to inhibit the proliferation of cervical squamous carcinoma cells [J].
Zhang, Yunxia ;
Na, Renhua ;
Wang, Xinling .
BMC CANCER, 2019, 19 (01)
123